Секретные материалы (1-11 сезон)

Телефон Малдера в сериале - 555-0199. Этот номер принадлежит также семейству Берманов в фильме «Красота по-американски» (1999). И тот же самый телефон Аль Пачино оставляет на автоответчике Рассела Кроу в фильме «Свой человек» (1999).

Малдер пользуется пистолетом Glock (в первом сезоне), а также Вальтером в ножной кобуре. Скалли использует только Walther PPK/S.

Сериал упоминается в книге Стивена Кинга «Девочка, которая любила Тома Гордона».

Николаса Ли, который играл, начиная со второго сезона, Алекса Крайчека, можно заметить также в эпизоде 1x13 «Транссексуал» («Gender Bender»), где он появляется в роли одной из жертв; Скалли и Малдер допрашивают его в больнице примерно на 35 минуте.

В первом эпизодe (Pilot) человек, сидящий за Скалли в самолете, это отец Дэвида Духовны.

Фокс Малдер и Дана Скалли на протяжении всего сериала используют арендованные автомобили. При этом фирма, которая предоставляет авто, всегда одна и носит название Lariat (об этом говорят наклейки на бамперах машин агентов).

Второй эпизод девятого сезона (Nothing Important Happened Today II) посвящен Чаду Келлеру (Chad Keller), о чем сообщается перед финальными титрами серии. Чад Келлер был ученым, занятым в аэрокосмической промышленности и являлся близким другом Криса Картера и его супруги. Он погиб во время атаки террористов в Нью-Йорке в сентябре 2001 года.

Судно «Пайпер Мару» с засекреченным маршрутом также фигурирует в фильме «Чужой против хищника» (2004).

В январе 2018 года, сразу после старта на ТВ 11 сезона сериала, Джиллиан Андерсон объявила о том, что оставляет роль агента Скалли. Изначально актриса планировала покинуть «Секретные материалы» еще в 2016 году, после 10 сезона, но впоследствии решила вернуться к проекту, так как Джиллиан показалось, что шесть серий - это недостаточно для правильного прощания.

В серии 1x12 «За морем» («Beyond the Sea») на 8,10 минуте видна на вешалке кепка, эту кепку Фокс Малдер взял после того, как был похищен Макс Фениг из серии 1x9 «Падший ангел» («Fallen Angel») на 38 минуте.